Auch in der Lehre engagiert sich das JMCE und fördert den europäischen Gedanken über verschiedene Lehrformate. Zu diesen gehören interdisziplinäre Seminare, in denen Dozierende unterschiedlicher Fachrichtung die Synergien ihrer Perspektiven in gemeinsamen Seminaren für Studierende nutzen, sowie englischsprachige Veranstaltungen, wie bspw. im Sommersemester 2014 „Turkey – a torn country“ von Dr. Jörg Baudner. Daneben veranstaltet das JMCE jedes Jahr eine vielbeachtete und erfolgreiche Schülerakademie für Schülerinnen und Schüler der Klassen 7 und 8 von Gymnasien aus Stadt und Landkreis Osnabrück. Zudem findet jährlich ein Graduiertenworkshop für Absolventinnen und Absolventen sowie fortgeschrittene Masterstudierende statt. Im vergangenen Workshop beschäftigten sich die Graduierten mit den methodischen Grundlagen der sogenannten „Qualitative Comparative Analysis“ (QCA). Nicht zuletzt sind auch gezielte Lehrerfortbildungen Teil der Lehraktivitäten des JMCE.
